Ο Μιχάλης Βαφόπουλος γεννήθηκε στην Αθήνα το 1972. Είναι παντρεμένος με τη Σοφία Μπανάκη με την οποία έχουν αποκτήσει τον Αχιλλέα. Σπούδασε την Οικονομική επιστήμη στο Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο και την Πληροφορική στο ΕΑΠ. Η διδακτορική του διατριβή σχετικά με την οικονομία του Διαδικτύου έγινε δεκτή στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου.
Έχει διδάξει στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου και στο Αριστοτέλειο. Από το 2011 μέχρι σήμερα διδάσκει στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο.
Το 2007 μετέφρασε το βιβλίο του εφευρέτη του Web, Tim Berners-Lee με τίτλο Το πλαίσιο της επιστήμης του Web, το οποίο διδάσκεται στο Πανεπιστήμιο. Το 2009 διετέλεσε πρόεδρος της οργανωτικής επιτροπής του διεθνούς συνεδρίου της επιστήμης του Web.
Έχει δημοσιεύσει πλέον των 40 εργασιών σε διεθνή συνέδρια και περιοδικά σχετικά με την οικονομία και τη διδακτική του Διαδικτύου. Είναι εμπνευστής της εφαρμογής ΠΟΥ ΠΑΝΕ ΟΙ ΦΟΡΟΙ ΜΟΥ, της εθελοντικής κοινότητας Webvistas και των Webfest που ασχολούνται με τη βελτίωση της online διαβίωσης.
Δίνει συχνά διαλέξεις στην Ακαδημία Πολιτών, σε σχολεία και Σχολές Γονέων.